Dalam kasus ini, Tom Lembong didakwa melanggar Pasal 2 atau Pasal 3 juncto Pasal 18 UU Nomor 31 Tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi, sebagaimana telah diubah dengan UU No. 20 Tahun 2001, serta Pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP.
Jaksa menuding, kebijakan Tom menunjuk koperasi milik TNI-Polri sebagai pengendali harga gula, alih-alih perusahaan BUMN, menyebabkan kerugian negara hingga Rp 578 miliar serta memperkaya pihak-pihak tertentu.*