Hal ini juga disertai dengan perhitungan faktor keselamatan dan keamanan pengguna di Tol Bali-Mandara.
Maka dari itu, ada ruas jalan atau jalur yang terpisah untuk kendaraan roda dua di Tol Bali-Mandara.
Selain jalur yang terpisah untuk pengendara sepeda motor, jalan tol ini juga sudah dilengkapi alat pengukur kecepatan angin di setiap gerbang tolnya, yaitu Nusa Dua, Ngurah Rai, dan Benoa.
Tol ini juga memperhitungkan keselamatan pengguna motor dalam situasi, jika kecepatan angin mencapai 40 kpj atau lebih, maka jalan tol ditutup sementara untuk motor guna menghindari risiko kecelakaan.